Onarım kitabesinde ise “Bu cami, Kılıçaslan oğlu, büyük Sultan Keyhusrev devrinde -Allah onun yardımını yüceltsin- H.602/M.1206 yılında Yağıbasanoğlu, Muzaffereddin Mahmud tarafından onarılmıştır” ifadeleri yer alıyor. Ulu Cami, 1716 yılında meydana gelen büyük depremden zarar görmüş, 5-6 yıl gibi bir süre harap halde kullanılmadan kaldıktan sonra 1723 yılında Matbah-ı Amire Emini (Saray mutfak sorumlusu) Kayserili Hacı Halil Efendi tarafından onartıldı. Bu onarımda minarenin yıkılan külah kısmı da yenilenmiş, çöken kubbesi ve minareleri de onartıldı. Öte yandan, yapımı esnasında yaşlı kadının bağışladığı ve camı duvarında kullanılan 7 tuğlanın yeri ise 7 adet kırmızı çizgi ile belirtildi.
